เริ่มต้นตำนานของรายการ "เจาะใจ" ที่ออกอากาศทางททบ.5 ในตอนแรก คือวันพฤหัสบดีที่ 3 มกราคม 2534 ด้วยการใช้ชื่อว่า "เจาะใจใส่จอ" ในรูปแบบวาไรตี้ ที่มีทั้งทอล์ค ละคร และเกม โดยมี 2 พิธีกรต่างวัย 2 รุ่น คือ "ดำรง พุฒตาล" และ "สัญญา คุณากร" ดำรงนั้นมีผลงานการเป็นพิธีกรมาแล้วมากมายโดยเฉพาะรายการ "คู่สร้างคู่สม" ที่สร้างชื่ออย่างยิ่ง ในขณะที่สัญญาเพิ่งผ่านการเป็นพิธีกรรายการ "เฉียบ" ของ เจ เอส แอล มาเพียงหนึ่งรายการ แต่ก็เป็นส่วนผสมที่ลงตัวระหว่างความเก๋าเกมและความสดใหม่ที่ต่างก็เรียนรู้ซึ่งกันและกัน
ทำมาได้เกือบปี ก็มีการเปลี่ยนรูปแบบใหม่ จากวาไรตี้เป็น Pure Talk คือมีเฉพาะการสัมภาษณ์พูดคุยอย่างเดียว โดยเล่นประเด็นเรื่องราวของคนในแวดวงบันเทิงเป็นหลัก ก่อนจะปรับมาเป็นเรื่องราวเชิงสังคมที่เป็นประเด็นที่น่าสนใจในขณะนั้น และได้รับการชื่นชมว่าเป็นรายการทอล์คโชว์ที่เจาะประเด็นได้น่าสนใจมาก จนเกิดเป็นการรับรู้ว่า "ถ้ามีเรื่องอะไรขึ้นมา เดี๋ยวก็จะได้ดูในเจาะใจวันพฤหัส"
รายการดำเนินมาเรื่อยๆ โดยได้รับการยอมรับเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ ว่า ทันใจทันเหตุการณ์ และเชื่อถือได้ (ในตอนนั้นยังไม่มีรายการข่าวที่ไล่ล่าประเด็นฮ็อตเหมือนกับสมัยนี้) และแขกของรายการก็มีทุกชนชั้นและทุกวงสังคม ตั้งแต่นายกรัฐมนตรีไปจนถึงคนสามัญธรรมดาในระดับล่างๆ
หลังจากทำรายการมาได้ 443 ตอน ดำรง พุฒตาล ได้ขอลาออกจากรายการเพื่อมุ่งมั่นการทำหน้าที่ของวุฒิสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร รายการจึงหาคู่หูคนใหม่ให้กับสัญญา ซึ่งก็ได้ผู้ประกาศข่าวหญิงที่มาแรงมากในยุคนั้น คือ "นารากร ติยายน" มาเป็นพิธีกรร่วม โดยออกอากาศตอนแรกวันที่ 6 มกราคม 2543 อยู่นานถึง 5 ปีรวม 269 ตอน นับว่าเป็นพิธีกรหญิงคนแรกของรายการ
ถัดจากนั้น รายการมีการปรับ Mood & Tone ของรายการ จึงมีการปรับผู้ดำเนินรายการให้เป็นอารมณ์ชายคู่วัยใกล้เคียงกัน และได้ทายาทเบียร์สิงห์ "ต๊อด- ปิติ ภิรมย์ภักดี" มาเป็นพิธีกรคู่กับสัญญารวมทั้ง มีพิธีกรเสริมในการออกเอ๊าท์ดอร์ด้วย ได้แก่ “บ๊วย-เชษฐวุฒิ วัชรคุณ” และ “ตุ๊ยตุ่ย-พุทธชาด พงศ์สุชาติ”
ช่วงเวลาหนึ่งที่เป็นการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญคือ สัญญา จำเป็นต้องพักการดำเนินรายการระยะหนึ่ง เพราะต้องดำเนินรายการ "ตาสว่าง" ของตนเองทางช่อง 9 อสมท. ซึ่งออกอากาศสดทุกวัน และตรงกับเวลาออกอากาศของเจาะใจในวันพฤหัสบดี ทางททบ.5 จึงต้องสร้างคู่ขวัญพิธีกรคู่ใหม่ขึ้นมาซึ่งก็ลงเอยที่คู่ "ณัฐวุฒิ-จอมขวัญ" คือ ณัฐวุฒิ อมรวิวัฒน์คนเดิม กับพิธีกรเชิงข่าวที่มาแรงจากช่องเนชั่น ทีวี "จอมขวัญ หลาวเพ็ชร์" ซึ่งก็ช่วยกันเจาะใจแขกรับเชิญมานาน 2 ปี
ถัดมา ต๊อด-ปิติ ต้องไปทำงานส่วนตัวอย่างจริงจังหลังจากทำรายการมาได้ 117 ตอน จึงต้องหาคู่พิธีกรคนใหม่ให้กับสัญญาอีกครั้ง ซึ่งก็ได้ "ณัฐวุฒิ อมรวิวัฒน์" หนุ่มวิศวะด้านไอทีมาร่วมงานด้วย โดยมี “เปอร์-สุวิกรม อัมระนันทน์” และ “บ๊วย-เชษฐวุฒิ” ร่วมเป็นพิธีกรเสริม
สัญญา กลับมาเป็นพิธีกรเต็มตัวอีกครั้ง โดยจับคู่กับณัฐวุฒิเช่นเคย และได้ “เปอร์-สุวิกรม อัมระนันทน์” และ “บ๊วย-เชษฐวุฒิ” ร่วมเป็นพิธีกร
ณัฐวุฒิได้ลาออกไปเพื่อเดินงานในสายอาชีพของตน สัญญา มีพิธีกรที่หมุนเวียนกันมาช่วยกันเจาะใจ 2 คน คือ "สิงห์-วรรณสิงห์ ประเสริฐกุล" และ "เคนโด้-เกรียงไกรมาศ พจนสุนทร" ที่ได้รสชาติหลากหลายมากขึ้น
ครั้งนี้สัญญาได้กลับมาเป็นพิธีกรเดี่ยวอีกครั้ง โดยได้มีการเพิ่มช่วงคอลัมนิสต์ ในตอนท้ายรายการขึ้นมา โดยมี 4 คอลัมนิสต์หลักหมุนเวียนกันมาบอกเล่าเรื่องราวดีๆ ได้แก่ “ตุ้ม-สรกล อดุลยานนท์” เจ้าของนามปากกา “หนุ่มเมืองจันท์”, “ป๋าเต็ด-ยุทธนา บุญอ้อม”, “โหน่ง-วงศ์ทนง ชัยณรงค์สิงห์” และ “สิงห์-วรรณสิงห์ ประเสริฐกุล”
เป็นครั้งแรกที่มีการย้ายบ้าน จากที่ออกอากาศทางททบ.5 มาตลอด 24 ปีก็ได้ย้ายมาออกอากาศทางช่อง ONE หลังจากที่มีการประมูลสถานีโทรทัศน์ดิจิตอลขึ้น ออกอากาศในวันศุกร์ตอน 22.15 น.
มีการย้ายบ้านครั้งที่ 2 คือการมาออกอากาศทาง ช่อง 9 อสมท. โดยเริ่มต้นในเดือนกรกฎาคม 2559 ซึ่งก็ดำเนินรายการที่ช่องนี้จนถึงปัจจุบัน และได้เพิ่มคอลัมนิสต์เป็นนักเขียนอินเทรนด์ขวัญใจนักอ่าน “เอ๋-นิ้วกลม สราวุธ เฮ้ง สวัสดิ์” อีก 1 คน
โดยล่าสุดรายการ “เจาะใจ” ออกอากาศในวันเสาร์ เวลา 21.30-22.30 น. ทางช่อง 9 อสมท. และได้มีพิธีกรหน้าใหม่ภาคสนามเข้ามาในรายการอีก 2 คน คือ ชัยยุทธ กิติชัยวัฒน์ (โจอี้) และ หัสสยา อิสริยะเสรีกุล (แพรว)
ตลอดเวลาของการผลิตรายการเจาะใจ ได้มีการสร้างสรรค์งานดีๆ ร่วมกับพันธมิตรหลายราย เช่น บริษัท เชฟรอน ประเทศไทยสำรวจและผลิต จำกัด ในโครงการ “พลังคนสร้างสรรค์โลก รวมพลังตามรอยพ่อของแผ่นดิน” ซึ่งเป็นโครงการการบริหารจัดการน้ำตามแนวพระราชดำริ โดยทำต่อเนื่องมาตั้งแต่ปี 2556-2559, กับ บริษัท ปูนซีเมนต์ไทย จำกัด(มหาชน) ในโครงการ “SCG V Gen อาสายั่งยืน” ในปี 2556, กับผลิตภัณฑ์แลคตาซอย จัดทอล์คโชว์ The Moment มาแล้ว 4 ครั้ง ในปี พ.ศ. 2553 - 2556